Sempre que um Mangá ganha uma adaptação para o Anime algumas modificações são feitas, e não foi diferente com Saint Seiya. Abaixo segui uma lista de algumas das modificações que houveram.

Saga do Santuário:

- Mangá:

• Hyoga é discípulo de Camus de Aquário e recebe uma carta do Mestre do

Santuário dizendo para matar os outros cavaleiros de bronze e levar a
armadura de Sagitário de volta ao Santuário, mas o cavaleiro de Cisne faz
amizade com os outros cavaleiros e desobedece o mestre do Santuário;

• Esmeralda é escrava de Guilty;

• Ikki só recebe a armadura de Fênix após derrotar Guilty, Jango e os cinco grandes

Cavaleiros Negros. Depois disso, o exército de Fênix negros jura lealdade a Ikki;

• O confronto entre os cavaleiros de bronze e os cavaleiros negros liderados
por Ikki ocorre no Monte Fuji;

• Dragão Negro tem um irmão gêmeo que o ajuda na luta contra Shiryu de Dragão;

• Cisne Negro arranca o próprio olho e o envia para Ikki;

• Mu de Áries tenta enganar os cavaleiros de prata fazendo-os confundir os cavaleiros
de bronze com os cavaleiros negros. Depois teletransporta a armadura de
Pégaso para que Seiya lute protegido contra Misty de Lagarto; 

• Jamian de Corvo é morto por Ikki;

• Dante de Cérbero e Capela de Auriga aparecem junto com Algol de Perseu,
lutam contra Ikki e são derrotados. Em seguida Algol luta com Shiryu que
se cega para se proteger do escudo da medusa de Algol;

• Ikki vai até a Ilha Canon para curar seu braço congelado por Hyoga na luta
no Monte Fuji. Em seguida parte pro Santuário onde enfrenta Shaka de Virgem;

• Cássius se suicida aproximando-se de Aiolia, enterrando as próprias mãos em seu abdômen;

• No Star Hill o corpo que Marin de Águia encontra morto a mais de 10 anos é
o de Shion de Aries e com isso ela descobre a verdade;

• Na casa de Sagitário, os cavaleiros de bronze apenas encontram o testamento de Aiolos;

• Afrodite de Peixes é enviado para destruir a Ilha de Andrômeda;

• O mestre de Shun é Daidalos de Cefeu;

• Saga de Gêmeos mata o mestre Shion e assume seu lugar como mestre do Santuário;

• Saga envia Ikki para uma outra dimensão e este só retorna na batalha contra Poseidon para enfrentar Kasa de Lymnades. Há um duelo de domínio mental entre Saga e Ikki, no qual Ikki corta a cabeça de Seiya, porém era apenas uma ilusão de Saga;

• Quem conta a história de Saga é Mu, que a conhecia desde o início;

• Após a luta no Santuário, os cavaleiros de bronze ficam em coma no hospital.

- Anime:

• Hyoga é discípulo do Cavaleiro de Cristal e não recebe nenhuma ordem do Santuário;

 • Esmeralda é filha de Guilty;

• Ikki recebe a armadura logo após matar seu mestre. Os cavaleiros negros se aliaram a Ikki desde o começo. Jango somente desafia o cavaleiro de Fênix quando este se
une aos cavaleiros de bronze;

• O confronto entre os cavaleiros de bronze e os cavaleiros negros liderados por
Ikki ocorre no Vale da Morte;

• Dragão Negro não possui irmão;

• Cisne Negro envia o cisne de seu elmo para Ikki;

• Mu não interfere no confronto com os cavaleiros de prata. Quem teletransporta a
armadura de Pégaso para a luta contra Misty é Kiki;

• Jamian de Corvo morre acidentalmente após cair de um penhasco;

• Dante de Cérbero e Capela de Auriga só aparecem bem depois da luta de Algol com Shiryu, e antes de enfrentarem Ikki, enfrentam Shun e Hyoga, que são lançados
em um penhasco por Dante pouco antes da chegada de Ikki;

• Ikki vai até a Ilha do Canon para curar suas feridas. Em seguida enfrenta no mesmo local, Ágora de Lotus e Shiva de Pavão, discípulos de Shaka de Virgem, depois da luta Ikki vai ao Santuário enfrentar o cavaleiro de Virgem;

• Cássius morre após ser atingido pelo golpe Cápsula do Poder de Aiolia;

• No Star Hill, o corpo que Marin de Águia encontra é do Cavaleiro de Prata Ares de
Altar morto a mais de 10 anos;

• Na casa de Sagitário, os cavaleiros de bronze são obrigados a passar por armadilhas no sub-solo da casa e só depois encontram o testamento de Aiolos;

• Além de Afrodite, Milo de Escorpião também é enviado para destruir a Ilha de Andrômeda;

• O mestre de Shun é Albion de Cefeu;

• Saga mata Ares de Altar, e somente depois da morte natural de Shion, Saga se
torna o Grande Mestre;

• Depois de ser enviado a uma outra dimensão por Saga, Ikki retorna logo em seguida
e o golpeia com o Ave Fênix;

• Quem conta a história de Saga é Marin, que acaba de descobrí-la;

• Saori Kido recobra a consciência de todos os cavaleiros de bronze dados como
mortos e após o fim da batalha, ninguém fica em coma;

• Aparição de personagens exclusivos (Cavaleiros de aço, Spartan, Reda, Spika e etc).

Saga dos Blue Warrios:

- Mangá:

• Hyoga vai até o Blue Graad e enfrenta sozinho os guerreiros azuis liderados por Alexei que mata seu próprio pai para ter total poder sobre Blue Graad.

- Anime:

• Não existe a saga dos Blue Warrios, em seu lugar foi colocada a saga de Asgard onde os cavaleiros de bronze enfrentam os guerreiros deuses de Odin liderados por Hilda de Polares a representante de Odin na terra que está sendo controlada por Poseidon através do Anel de Nibelungo.

Saga de Poseidon:

- Mangá:

• As armaduras de bronze de Pegasus, Dragão, Cisne e Andrômeda são ressuscitadas com o sangue dos cavaleiros de Ouro: Pégaso com Aiolia, Dragão com o Mestre Ancião, Cisne com Milo e Andrômeda com Shaka. A armadura de Fênix é a única que não recebe o sangue dos cavaleiros de ouro, pois ela renasce das cinzas;

• As Armaduras de Bronze banhadas pelo sangue dos Cavaleiros de Ouro adquirem um brilho dourado quando os Cavaleiros alcançam o Sétimo Sentido. A armadura de Fênix, por não ter recebido o sangue dos Dourados não adquire o brilho;

• Saori Kido é convidada por Julian Solo para uma festa, depois é raptada de seu quarto sendo salva por Aiolia;

• Thetis de Sereia viaja ao Oriente junto com alguns guerreiros e seqüestram novamente Saori. Seiya chega e os derrota, mas Thetis escapa. Aldebaran é
destacado para proteger Atena que permanece no Oriente para cuidar dos 4
Cavaleiros de Bronze em coma. Sorento de Sirene aparece para eliminar os
Cavaleiros de Bronze e enfrenta o Touro Dourado. Aldebaran não consegue vencer o Marina, posto que a melodia de Sorento reduziu drasticamente seu poder. Atena interfere na luta e decide acompanhar o Marina para se encontrar com Poseidon. Thetis vai para os Cinco Picos Antigos encontrar com o Mestre Ancião - que assumiu o posto de representante do Santuário - e revela o destino de Atena. Os Cavaleiros de Bronze surgem, mas Thetis escapa. Os Guerreiros de Atena recebem suas novas Armadura e, com a ajuda de Kiki os 4 chegam até a Fortaleza Submarina;

• São mostradas as tentativas de Seiya, Shiryu e Hyoga usando algumas das armas da Armadura de Libra para destruir o Grande Suporte Principal, não tendo nenhum sucesso;

• Kanon de Dragão Marinho toma a frente de Saori e a protege do Tridente de Poseidon, que fora lançado pelo deus dos mares.

- Anime:

• Todas as Armaduras de Bronze, inclusive a de Fênix, são restauradas com o sangue dos Cavaleiros de Ouro, sendo que a Armadura de Dragão recebe o sangue de Mu, Andrômeda de Aldebaran e Fênix de Shaka. Isso acontece antes da batalha em Asgard;

• Todas as Armaduras de Bronze adquirem o brilho dourado quando seus Cavaleiros alcançam o cosmo máximo;

• Sorento de Sirene vai até Asgard, onde revela os planos de Poseidon, sendo então confrontado por Siegfried de Dubhe;

• Os Cavaleiros de Bronze adentram a Fortaleza Submarina, depois de acharem com a ajuda de Hilda de Polares e sua irmã Freya, uma passagem secreta em um determinado local em Asgard;

• As tentativas de destruir o Grande Suporte Principal com as armas de Libra acontece como no mangá, porém só é mostrado a tentativa de Shiryu usando o escudo
não tendo sucesso;

• Seiya é quem protege Saori do tridente de Poseidon.

Saga de Hades:

- Mangá:

• Somente Shion e os Cavaleiros de Ouro mortos na batalha das Doze Casas são ressuscitados por Hades;

• Dentre os cinco cavaleiros de bronze principais, Shiryu é o único presente no Santuário durante a invasão dos Espectros de Hades;

• Shiryu parte dos cinco picos para o Santuário onde se defronta com a luta entre seu mestre e Shion;

• Ikki só aparece a partir da Fase Inferno onde interrompe o ataque de Minos, a Marionete Cósmica, que é aplicado em Kanon;

• Os cavaleiros de bronze menores enfrentam alguns espectros no lado de fora do Santuário;

• Na luta entre Mu de Áries e Myu de Papyllon, eles arremessam pilares um contra o outro, em seguida Myu invoca suas fadas onde não tem nenhum sucesso contra Mu e acaba caindo na Rede de Cristal e derrotado pela Extinção Estelar;

• Durante o choque das Exclamaçãoes de Atena na Casa de Virgem, com a ajuda de Shiryu, o golpe é rebatido contra Saga, Camus e Shura;

• No castelo de Hades, alguns espectros estão presentes. Seiya cai no buraco do
Mundo dos Mortos junto com Valentine de Harpia;

• Seiya derrota Valentine de Harpia com um poderoso chute que causa vários ferimentos e danos na suplices do espectro;

• Seiya e Shun foram os únicos cavaleiros de bronze presentes na destruição do
muro das lamentações.

- Anime:

• Nove cavaleiros de prata também são ressuscitados por Hades;

• Todos os cavaleiros de bronze estão no Santuário;

• Ikki tenta impedir Shiryu de entrar no Santuário, mas não tem sucesso, logo depois Shiryu se encontra com Seiya no Coliseu onde Seiya lutou com Cassius pela armadura de Pégaso;

• Os Cavaleiros de Bronze menores não enfrentam nenhum espectro;

• Na luta entre Myu e Mu, Seiya está presente e acaba sendo atacado pela telecinese de Myu, mas consegue se libertar da telecinese queimando seu cosmo, depois disso Seiya acaba partindo para a próxima casa a mando de Mu, assim Myu já invoca suas fadas e segue a luta como no Mangá;

• Seiya, Hyoga, Shun e Shiryu interferem no confronto dos cavaleiros de ouro
lançando o choque das Exclamações de Atena para cima;

• Zelos de Sapo e Radamanthys de Wyvern são os únicos espectros presentes no castelo de Hades. Existem também soldados rasos derrotados por Máscara da
Morte de Câncer e Afrodite de Peixes. Seiya cai no buraco do Mundo dos Mortos juntamente com Radamanthys;

• Seiya derrota Valentine com seus Meteoros de Pégaso;

• Hyoga e Shiryu também aparecem na destruição do Muro das Lamentações.